O setor agrícola é frequentemente criticado pelo alto desperdício e uso ineficiente de água no ponto de consumo (ou seja, no nível da fazenda), incentivado por tarifas baixas subsidiadas pelo uso da água ou tarifas baixas de energia para bombeamento. É frequentemente alegado que as taxas cobradas pela água de irrigação não sinalizam a escassez do recurso para os agricultores. Essa situação pode persistir devido a interesses arraigados, problemas políticos associados à reforma de preços, dificuldades práticas na medição e monitoramento do uso da água e normas sociais, por exemplo, percepção da água como um bem gratuito e acesso à água como um direito básico. Essas baixas taxas podem ter um impacto adverso na eficácia dos sistemas de irrigação e no uso da água.
Elas resultam em manutenção deficiente e consequente operação ineficiente dos sistemas de irrigação existentes, capacidade limitada para melhorias ou investimentos em nova infraestrutura e desperdício de água no nível da fazenda. Além disso, é alegado que os subsídios fornecidos para a água de irrigação tendem a favorecer os ricos e, portanto, exacerbar as desigualdades no acesso aos recursos e na distribuição de riqueza nas áreas rurais. O uso de águas subterrâneas para irrigação permite a extensão da área irrigada além daquela que a água superficial sozinha pode suportar. Além disso, auxilia na drenagem do solo (reduzindo o lençol freático e fornecendo drenagem da água do solo para poços tubulares). A água subterrânea pode suplementar a água superficial durante períodos de baixo fluxo, tornando a água superficial disponível para usos alternativos.
Ela também é usada como única fonte de água para irrigação. Por exemplo, na Índia, mais da metade das terras irrigadas é abastecida com água subterrânea, fornecendo um terço da produção de alimentos do país. A água subterrânea tem várias vantagens sobre a água superficial: pode ser armazenada em aquíferos por anos com pouca ou nenhuma perda por evaporação; a percolação da água de recarga do aquífero através do solo atenua os níveis de poluição (tornando a água subterrânea particularmente adequada como fonte de água potável, especialmente em áreas sem instalações de tratamento de água); a água subterrânea pode ser retirada perto do ponto de uso; e está disponível imediatamente sob demanda, o que permite aplicações mais oportunas de água para irrigação.
No entanto, a água subterrânea contém sais dissolvidos que podem ser tóxicos para as plantas e resultar na salinização do solo. A água subterrânea pode ser combinada com água da superfície para diluir as concentrações de sal a níveis adequados para uso na irrigação.
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